Assassins Creed não é somente um game com propagandas e propostas ambiciosas, mas também com uma grande e interessante proposta de enredo. Você será Altair na época das cruzadas, um assassino realmente furtivo, conhecido (para não dizer temido) por acabar com suas vítimas sem sequer ser notado (Praticamente um Solid Snake da Idade Média).

Porém, o jogo na verdade se passa num futuro onde um cientista desvendou uma série de novas informações sobre o DNA.

Pode ficar tranqüilo, já que as informações a seguir não têm nada de Spoiler, uma vez que tudo isso é revelado logo na introdução do jogo! Tal cientista ameaça o protagonista, um Barman com uma série de segredos e crimes ali e aqui, (supostamente aposentado da vida de delitos e erros), fazendo com que ele colabore com seus objetivos, caso ele ainda deseje voltar a ter uma vida normal (ou isso, ou ele seria entregue às autoridades para pagar por seus feitos).

Tal cientista revela ter descoberto que o DNA não somente armazena informação genética de uma pessoa, como também armazena dados e informações dos ancestrais da pessoa (bacana não?).

Assim, ele quere utilizar o Animus para descobrir algumas informações de seu antepassado, Altair, um assassino do tempo das Cruzadas, pois por algum motivo, tais informações não podem ser acessadas normalmente pelo Animus.

Antes que você se pergunte, o Animus é uma espécie de Matrix, que permite reviver e adquirir informações sobre os acontecimentos da vida do antepassado da pessoa, utilizando as informações contidas no DNA dela!